Spatio-temporal framework for integrative analysis of zebrafish developmental studies

Leiden Repository

Spatio-temporal framework for integrative analysis of zebrafish developmental studies

Type: Doctoral Thesis
Title: Spatio-temporal framework for integrative analysis of zebrafish developmental studies
Author: Belmamoune, Mounia
Publisher: Leiden Institute of Advanced Computer Science (LIACS), Faculty of Science, Leiden University
Issue Date: 2009-11-17
Keywords: 3D
Developmental biology
Gene expression
Integrative framework
Interoperability
Ontology
Zebrafish
Abstract: Bio-informatica kan omschreven worden als het toepassen van algoritmen om meerwaarde te verkrijgen uit data afkomstig van biomedisch en/of biologisch onderzoek. In bio-informatica wordt onderzoek gedaan met grote gegevens verzamelingen die afkomstig zijn uit biomedisch en/of biologisch experimenten. Het doel van dit onderzoek is komen tot nieuwe inzichten vanuit de gegevens verzameling. Deze inzichten komen tot stand door de goede organisatie van de data, het linken naar en integreren met complementaire gegevens verzamelingen en ontwikkelen en toepassen van analytische methodieken. Als bio-informatica groep onderzoeken wij het inrichten en ontwikkelen van een 3D spatio-temporele data omgeving voor ontwikkelingsstudies van het zebravis model organisme. De expressie van genen in spatio-temporale patronen vormt de basis van het ontwikkelingsproces. Voor onderzoekers is een begrip van deze patronen in sam enhang met de anatomische ontwikkeling belangrijk; hoe vormen de patronen de basis voor vorm verandering en welke genen kunnen bij dergelijke veranderende patronen betrokken zijn. In deze context hebben wij een omgeving ontwikkeld voor spatio-temporele gegevens uit embryonische studies van het zebravis modelsysteem.
Description: Promotor: J.N. kok, Co-promotor: F.J. Verbeek
With summary in Dutch
Faculty: Faculteit der Wiskunde en Natuurwetenschappen
Citation: Belmamoune, M., 2009, Doctoral thesis, Leiden University
ISBN: 9789090248660
Handle: http://hdl.handle.net/1887/14433
 

Files in this item

Description Size View
application/pdf Full text 1.716Mb View/Open
application/pdf Cover 4.008Mb View/Open
application/pdf Title page_Table of contents 68.97Kb View/Open
application/pdf Chapter 1 98.56Kb View/Open
application/pdf Chapter 2 256.8Kb View/Open
application/pdf Chapter 3 299.9Kb View/Open
application/pdf Chapter 4 273.0Kb View/Open
application/pdf Chapter 5 318.7Kb View/Open
application/pdf Chapter 6 139.8Kb View/Open
application/pdf Chapter 7 Conclusions and discussions 77.88Kb View/Open
application/pdf References 61.87Kb View/Open
application/pdf Summary in Dutch 44.94Kb View/Open
application/pdf Publications_Pr ... al events_Acknowledgements 47.43Kb View/Open
application/pdf Propositions 13.64Kb View/Open

This item appears in the following Collection(s)